801年坂上田村麻呂の開創。もと来福寺といい北土山高座にあった古道場でした。
天文の初め頃、兵火にかかり焼失。
天文17年に薬師如来を本尊とし天台宗として再建され、その後荒廃したが、
江戸初期(1624年~1641年)に大徳寺の塔頭芳春院から三江宗益和尚が留錫し、
二代が過ぎ元禄初年に本尊に聖観音を迎え永雲寺(臨済宗)として再興された。
開山は大徳寺芳春院四世、明覚円源和尚とされている。
安置されている仏像は県指定の重要文化財で平安後期の造像とされている木造聖観音立像、
「来福寺」の本尊薬師如来像、田村神社内「神宮寺」より遷座した千手観音像、将軍地蔵尊、勝敵毘沙門天,
明治12年末庵「見性庵」より遷座した延命地蔵尊など。
土山の特産物であるお茶の生産を推進したのは当寺の第三世天嶺宗聞和尚。
2009年本堂再建の際、茶室「蓬莱庵」を建立しました。
甲賀西国観音霊場札所の打ち止めの三十三番目
御詠歌
坂の上の 跡をたれつつ 今もなほ 山を高座と いうにやあるらん
八隅まで 治まる君が み代ともに うちぞおさむる 土山の寺
めぐりきて 誓の数の 三十あまり 三の三札を 打ちぞおさむる
甲賀六地蔵三番目(見性庵 明治12年合併)
御詠歌
草も木も みのりの他は あらがねの つちやま松の 風のまにまに